Depuis le Moyen Âge, les ravages provoqués par les épidémies dites « importées » ont conduit à la mise en place de quarantaines partout en Europe.
Ces dispositifs préventifs, qui consistent à retenir personnes et marchandises suspectées d'être contaminées, a cependant été appliqué de manière inégale selon les régions.
Le mot « quarantaine », attesté en français depuis les années 1180, signifiait « espace de quarante jours » (période du carême).
Au sens de mesure sanitaire, apparu au XIVe siècle, il dérive de l'italien quaranta (nombre quarante) et remonte à 1635
En France, la séparation sociale et l'exclusion des lépreux relève de l'ordonnance royale du 21 juin 1321. Le rejet des lépreux est partout la norme, mais d'application locale très variée. De nombreuses villes ont une léproserie située à l'écart, avec limitation ou contrôle du déplacement des lépreux. Les motifs d'origine sont d'abord religieux et moraux : la lèpre est une maladie de l'âme qui se manifeste par une mort lente du corps11.
Avec la survenue de la peste noire, les motifs sanitaires apparaissent au premier plan. Les mesures prises sont le fait des autorités municipales qui s'appuient sur le sens commun d'une contagiosité, notion de peu d'importance pour la médecine médiévale7. Les mesures les plus anciennes d'isolement des pestiférés consistent à enfermer les pestiférés (et leur famille) dans leur maison (séquestration), une autre est l'expulsion hors de la ville. Ces mesures, d'ordre juridique plus que médical, sont adoucies à partir du XVIe siècle. Plus rarement, les malades sont autorisés à circuler, mais en étant porteurs de signes distinctifs12.
Des structures sont mises en place pour concilier l'isolement et le soin : cabanes en bois hors agglomération (en 1348 à Avignon par le pape Clément VI), hôpital de pestiférés (à Venise en 1403). Des léproseries sont converties en hôpital pour pestiférés (à Marseille en 1476)
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